Ministerstvo dopravy podle Nejvyššího kontrolního úřadu (NKÚ) v letech 2007 až 2009 neprosadilo snižování ztráty z provozu vlaků, které objednává u Českých drah. Při zajišťování státem dotované dopravní obslužnosti také neotevřelo trh konkurenci. Vyplývá to z výsledků kontroly úředníků NKÚ. Naopak se podle nich zlepšilo vymezování rozsahu obslužnosti a průhlednost vykazování ztráty.