Účetní závěrka ministerstva dopravy ke konci roku 2008 obsahuje podle zjištění Nejvyššího kontrolního úřadu (NKÚ) nesprávnosti přesahující 19,7 miliardy Kč. Ministerstvo se brání tím, že jde pouze o účetní nepřesnosti, které nemohly způsobit žádné škody a jsou už napraveny.